1. 背景
条形统计图在生物文献中的使用率持续保持高位,其核心优势在于将复杂的统计结果转化为可被快速理解的视觉语言,是连接原始数据与科学结论的重要桥梁。 在实验组间比较中,我们常常会使用到条形统计图,如qPCR定量结果直观展示不同处理组间基因表达量,蛋白定量分中比较Western blot等技术的蛋白相对表达水平,微生物丰度计算呈现不同样本中菌群分类单元(OTU)的相对比例。在表型数据统计中也有诸多应用。如植株高度、果实重量等农艺性状的组间差异比较和统计,在临床医学中比较患者组与对照组的生化指标(如血糖、胆固醇水平)。可以说条形统计图无处不在。
爱基百客云平台提供在线绘图小工具,一键就能出图,方便快捷。下面我们一起来学习一下吧。
2 爱基百客云平台小工具使用
首先,打开爱基百客官网:http://www.igenebook.com;点击菜单栏最右侧“云平台”按钮。
弹出云平台界面(下图),输入账号、密码和验证码方可登录;进入云平台,可以轻松实现多种组学数据的分析和可视化,实现真正的“零代码、无门槛、操作简单”!
登陆后,如下图,我们进入到小工具专栏。当前云平台已上线了32款小工具供大家使用,包括基础绘图,高级绘图,差异检验,聚类分析,序列处理等子模块,本着用户至上的理念,平台小工具将会持续更新维护,积极接受用户的反馈和意见。
2.1 绘制条形统计图
条形统计图是一种用矩形条(bars)表示分类数据的统计图形,条形的长度或高度与所代表的数值成比例。它适用于比较不同类别之间的数据,尤其适用于离散型数据(如实验组别、物种分类、时间点等)数据。条形统计图直观易懂,易于添加误差线,展示数据变异性以及组间比较。
爱基百客云平台条形统计图可视化地址:http://182.61.3.169:5000/smalltools/detail?id=1679691584657965058。
下面我们进行条形统计图可视化实操练习。
首先点击小工具条形统计图
右侧的工具介绍条形统计图小工具的主要用途,使用方法以及结果做了详细的说明。 左侧是必要的输入文件和参数选项。任务名称和任务编号系统会自动生成。后面可用于记录查看具体的任务。 小工具提供了示例文件给用户做测试分析。同时,该页面还提供了一些常用参数调节选项。您也可进行自定义,后面将详细介绍。输出名自定义,默认result。
2.2 参数设置
格式要求:数据与数据之间需用制表符(Tab键)分隔,第一行为表头信息,每组一列。如下表所示:
注: 如果文件已经上传过,您可以直接点击选择按钮找到需要的文件勾选确定,无须再次上传。
显著性统计组别:如需比较A组和B组,则填写A_vs_B, 如有多组需要统计,组与组之间使用逗号分隔。可选用常见的统计方法进行差异显著性统计。配色板输入的是颜色组合用下划线分隔,输出名自定义。 填写好上述所有的参数后,点击提交即可一键出图。
2.3 任务查看
您可在任务管理栏中查看任务的运行情况和结果。默认情况下新任务将会在最上方展示。也可通过任务名、任务编码、日期点击查询,找到需要的任务。 如下图:当状态成功时,表示任务成功结束。
点击下载按钮可直接打包下载全部结果,点击查看按钮可在线查看结果。
您可在在线查看结果后选择是否下载保存。另外如果结果较多时,结果展示区还可通过点击左侧或右侧的箭头进行图片切换。您可挑选自己感兴趣的结果图片进行下载保存。
2.4 结果
输出结果包含pdf格式和png格式的条形统计图。
也可根据自己的喜好换个配色试试,通过修改配色板参数即可实现。
还可以选择不同的差异检验方法,如使用wilcox.test差异检验方法。
关于我们
武汉爱基百客生物科技有限公司(简称爱基百客)是一家专注于表观组学、单细胞时空组学和高通量测序分析服务的新型生物科技企业。公司办公面积逾3000m2,员工已达到百余人,业务覆盖全国,核心团队来自国内知名高校和基因测序公司。公司先后引入ChIP、ATAC-seq、CUT&Tag、单细胞时空组学(进口、国产多平台)、DNBSEQ-T7和SURFSeq等技术平台,同时配备MGISP-960和AlphaTool等自动化设备。
运营至今合作科研客户超2000家,涵盖国内知名科研院所、高校及相关企业。多项合作成果发表在Science、Cancer Cell、Circulation、Nature Communications和Plant Cell等国际顶级期刊,广受客户好评,成为国内成长最迅速的高通量测序科研服务企业之一。爱基百客将秉承服务至上的理念,发挥自身优势,期待与海内外科研学者精诚合作,共探生命百科全书。
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